على الرغم من أن وحدة التحقيق الخاصة لصفتها القضائية تعتمد في الأساس على ما يرد إليها أو يقدمه إليها ذوي الشأن من شكاوى تتضمن وقائع مما يدخل في اختصاصها، إلا أنها وبالنظر إلى طبيعة مهامها المتعلقة بجانب مهم من حقوق الإنسان؛ لا تكتفي في التصدي للوقائع الماسة بهذه الحقوق بما يقدم إليها بشكل إرادي، بل تأخذ على عاتقها رصد أية وقائع أو ادعاءات تعذيب أو إيذاء أو معاملة قاسية سواء مما يتم نشره وإذاعته بوسائل الإعلام المقروءة والمرئية، أو مما يتداول بمواقع التواصل الاجتماعي وشبكة الانترنت، أو مما قد يرد إلى علمها من أي مصدر آخر، وتبادر بالتواصل مع ذوي الشأن من المجني عليهم والشهود وكل من لديه معلومات، وتسير في إجراءاتها التحقيقية اللازمة، مستعينة في ذلك بشعبها التخصصية. وفي مجال التحقيق الجنائي؛ فإن وحدة التحقيق الخاصة تركن إلى عدة مراجع قانونية أساسية؛ هي:
- قانون العقوبات بما ينظمه من الجرائم الواقعة على النفس والتعذيب والاعتداء على الجسم والعرض والتهديد والسب والإهانة، وما يرتبط بها من جرائم سواء في قانون العقوبات أو أي قانون آخر.
- قانون الإجراءات الجنائية فيما يتعلق بضمانات وإجراءات الاستجواب وسماع الشهود وإصدار الأوامر القضائية وإجراء المعاينات والتصرف في المضبوطات، وكذلك مباشرة الدعوى أمام المحاكم، والطعن في الأحكام وتنفيذها.
- بروتوكول اسطنبول لتقصي وتوثيق ادعاءات التعذيب والمعاملة القاسية.
- تعليمات الوحدة، وهي تعد وثيقة إرشادية وعملية متكاملة، تتألف من 66 مادة، وتقع في ست فصول؛ تتناول على نحو تفصيلي تحديداً لطبيعة الوحدة وأهدافها والسلطات المخولة لها، وبياناً لاختصاصاتها وتشكيلها ومهام أقسامها وشعبها، بالإضافة إلى واجبات أعضاء الوحدة ومنتسبيها، والصفات التي ينبغي أن تتوافر فيهم، ووسائل جمع الأدلة القولية والمادية والفنية، وماهية الإجراءات التي يجب إتباعها في هذا الشأن. وقد تم الاستعانة في وضع هذه التعليمات بأحد الخبراء البارزين لدى الأمم المتحدة، وتم إعدادها على ضوء أحكام القانون والمستحدث من المبادئ القانونية، واستناداً إلى القواعد المقررة ببروتوكول اسطنبول لتقصي وتوثيق ادعاءات التعذيب والمعاملة القاسية. فيما ترتكن في مضمونها إلى الصكوك الدولية ذات الصلة، وبالأخص اتفاقية مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو المهينة، والإعلانات والقواعد والمبادئ والتوجيهات والمدونات السلوكية، كمدونة قواعد سلوك الموظفين المكلفين بإنفاذ القانون، والمبادئ الأساسية بشأن استخدام القوة والأسلحة النارية من جانب الموظفين المكلفين بإنفاذ القوانين، وإعلان حماية جميع الأشخاص من التعرض للتعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو اللاإنسانية أو المهينة.
