يرأس وحدة التحقيق الخاصة عضو نيابة بدرجة محامي عام، ويعاونه عدد من المحققين القضائيين، وقد تم تعيين مستشارين مستقلين داخلي وخارجي لتقديم المشورة في التحقيقات التي تباشرها الوحدة. هذا، ويتشكل الهيكل التنظيمي للوحدة فضلاً عن مكتب رئيسها؛ من ست شعب تخصصية هي: شعبة التحقيق، وشعبة الطب الشرعي والدعم النفسي، وشعبة المعلومات والأعمال الإدارية، وشعبة الشرطة القضائية، وشعبة الاتصال والإعلام، وشعبة شئون المجني عليهم والشهود.
